工作時，混濁的液體經進水口進入過濾器下腔，再經隔板孔進入濾芯內腔。截留大于濾芯間隙的雜質，凈液通過間隙到達上腔，從出口送出。含有雜質的水從進水口進入自清洗過濾器，先流經粗濾網進行粗濾，再進入細濾網內腔進行精濾，過濾后的水從出水口流出。

過濾后的雜質吸附在細濾網上，從而在濾網內外表面形成壓差。當壓差達到設定值時，壓力傳感器向控制器發出信號，控制器打開排水閥從排水口排出。從而使液壓馬達腔體和雜質收集器及腔室的壓力下降，產生類似于負壓吸入的真空清掃原理，濾網表面的雜質通過污水收集器排入污水室和液壓馬達與反沖洗水一起，通過排污孔排出。

自清洗過濾器排空液壓馬達和雜物收集器旋轉，從而可以清洗整個濾網。大尺寸過濾器還有一個驅動氣缸，控制雜質收集器的縱向運動，防止其運動過快，使整個濾網可以被噴嘴沖洗。整個反沖洗過程自動控制，只需幾秒鐘，自清洗過程中不會中斷主水流。